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国際脳MRIチュートリアルRmarkdownプログラム(2021年度)

国際脳MRIチュートリアルRmarkdownプログラム

1. データの確認

1-1. Excelデータの取り込み・列名変更

library(openxlsx)
          library(tidyverse)
          Rdata <- read.xlsx("./第3回国際脳MRI・臨床データ解析チュートリアル アンケート（回答）.xlsx",sheet = 1) 
          cn <- read.xlsx("./第3回国際脳MRI・臨床データ解析チュートリアル アンケート（回答）.xlsx", sheet = 2) 
          names(Rdata) <- cn[,2]
          Rdata <- Rdata[,-1]
          
          Rdata1 <- Rdata %>% 
            select(!starts_with("Notes")) # selection
          Rdata1[!Rdata1$Field %in% c("神経科学", "精神医学", "神経内科学", "放射線医学","その他医学"), 2] <- "複数・他"
          
          Rdata1.temp <- data.frame(
            factor(Rdata1[,1],  levels = c("学部学生", "大学院学生", "研究員", "教員・研究職", "医療職","技術支援スタッフ","民間企業研究者")),
            factor(Rdata1[,2],  levels = c("神経科学", "精神医学", "神経内科学", "放射線医学", "その他医学", "複数・他")),
            factor(Rdata1[,3],  levels = c("ほぼ未経験", "１年未満", "１～３年", "３～５年", "５年以上", "１０年以上")),
            factor(Rdata1[,4],  levels = c("やさしすぎる", "やさしい", "ちょうどよい", "難しい", "難しすぎる", "不参加")), 
            factor(Rdata1[,5],  levels = c("やさしすぎる", "やさしい", "ちょうどよい", "難しい", "難しすぎる", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,6],  levels = c("やさしすぎる", "やさしい", "ちょうどよい", "難しい", "難しすぎる", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,7],  levels = c("やさしすぎる", "やさしい", "ちょうどよい", "難しい", "難しすぎる", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,8],  levels = c("やさしすぎる", "やさしい", "ちょうどよい", "難しい", "難しすぎる", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,9],  levels = c("満足", "やや満足", "どちらでもない", "やや不満足", "不満足", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,10], levels = c("満足", "やや満足", "どちらでもない", "やや不満足", "不満足", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,11], levels = c("満足", "やや満足", "どちらでもない", "やや不満足", "不満足", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,12], levels = c("満足", "やや満足", "どちらでもない", "やや不満足", "不満足", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,13], levels = c("満足", "やや満足", "どちらでもない", "やや不満足", "不満足", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,14], levels = c("長すぎる", "長い", "ちょうどよい", "短い", "短すぎる", "不参加")), 
            factor(Rdata1[,15], levels = c("長すぎる", "長い", "ちょうどよい", "短い", "短すぎる", "不参加")), 
            factor(Rdata1[,16], levels = c("長すぎる", "長い", "ちょうどよい", "短い", "短すぎる", "不参加")), 
            factor(Rdata1[,17], levels = c("長すぎる", "長い", "ちょうどよい", "短い", "短すぎる", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,18], levels = c("長すぎる", "長い", "ちょうどよい", "短い", "短すぎる", "不参加")),  
            factor(Rdata1[,19], levels = c("大変良かった", "良かった", "どちらでもない", "あまりよくなかった", "良くなかった")),  
            factor(Rdata1[,20], levels = c("とても役立つ", "役立つ", "どちらでもない", "役立たない", "全く役立たない")),
            Rdata1[,21:37])
          colnames(Rdata1.temp) <- colnames(Rdata1)
          Rdata1 <- Rdata1.temp
            
          
          Rdata2 <- Rdata %>% select(Occupation, Field, MRIanalysisYear, starts_with("Notes")) # free comments

1-2. 変数-質問対応表

library(DT) #DTパッケージを読み込む
          VQ <- cn[-1,2:3]
          datatable(VQ)

1-3. Excelデータの確認

library(DT) #DTパッケージを読み込む
          datatable(Rdata, options = list(
                autoWidth = TRUE,
                scrollX = TRUE,
                scrollY = '600px',
                scrollCollapse = F,
                columnDefs = list(list(className = 'dt-nowrap', targets = 0:4)),
                fillContainer = T))

2. 欠損値の確認

2-1. miceパッケージ

library(mice) #miceパッケージを読み込む
          par(ps = 9)
          md.pattern(Rdata, rotate.names = T)

##    Occupation Field MRIanalysisYear Difficulty_QCbp Difficulty_IF
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 2           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 2           1     1               1               1             1
          ## 3           1     1               1               1             1
          ## 3           1     1               1               1             1
          ## 2           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 1           1     1               1               1             1
          ## 3           1     1               1               1             1
          ## 2           1     1               1               1             1
          ## 16          1     1               1               1             1
          ##             0     0               0               0             0
          ##    Difficulty_Artefact Difficulty_DMP Difficulty_ImgQC Satisfaction_QCbp
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 2                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 2                    1              1                1                 1
          ## 3                    1              1                1                 1
          ## 3                    1              1                1                 1
          ## 2                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 1                    1              1                1                 1
          ## 3                    1              1                1                 1
          ## 2                    1              1                1                 1
          ## 16                   1              1                1                 1
          ##                      0              0                0                 0
          ##    Satisfaction_IF Satisfaction_Artefact Satisfaction_DMP Satisfaction_ImgQC
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 2                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 2                1                     1                1                  1
          ## 3                1                     1                1                  1
          ## 3                1                     1                1                  1
          ## 2                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 1                1                     1                1                  1
          ## 3                1                     1                1                  1
          ## 2                1                     1                1                  1
          ## 16               1                     1                1                  1
          ##                  0                     0                0                  0
          ##    Length_QCbp Length_IF Length_Artefact Length_DMP Length_ImgQC
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 2            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 2            1         1               1          1            1
          ## 3            1         1               1          1            1
          ## 3            1         1               1          1            1
          ## 2            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 1            1         1               1          1            1
          ## 3            1         1               1          1            1
          ## 2            1         1               1          1            1
          ## 16           1         1               1          1            1
          ##              0         0               0          0            0
          ##    Web_satisfaction Usefulness ImgQC_participation Notes_GoogPoint
          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 2                 1          1                   1               1
          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 2                 1          1                   1               1
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          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 1                 1          1                   1               1
          ## 1                 1          1                   1               0
          ## 3                 1          1                   1               0
          ## 2                 1          1                   1               0
          ## 16                1          1                   1               0
          ##                   0          0                   0              22
          ##    Group_MRIstudy ImgQC_Pre ImgQC_Criteria ImgQC_Analysis ImgQC_Manual
          ## 1               1         1              1              1            1
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          ## 1               1         1              1              1            1
          ## 1               1         1              1              1            1
          ## 1               1         1              1              1            1
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          ## 1            1           1         1              1              1          1
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          ## 1            1           1         1              1              1          1
          ## 1            1           1         1              1              1          1
          ## 2            1           1         1              1              1          1
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          ## 2            1           1         1              1              1          1
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          ##             23          23        23             23             23         23
          ##    Report_Week Report_Exclusion ImgQC_idea IFQC_idea Affiliation Notes_Future
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          ## 2            1                1          1         1           1            1
          ## 1            1                1          1         1           1            1
          ## 1            1                1          1         1           1            1
          ## 1            1                1          1         1           1            0
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          ##    Notes_Improvement Notes_Opinion1 Notes_ImgQC Notes_ImgQC.1 Notes_Opinion2
          ## 1                  1              1           1             1              1
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          ## 1                  0              0           0             0              1
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          ## 1                  1              0           1             0              0
          ## 1                  1              0           0             0              0
          ## 2                  0              0           1             1              0
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          ## 1                  0              0           0             0              0
          ## 1                  1              0           0             0              0
          ## 1                  0              0           0             0              0
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          ## 16                 0              0           0             0              0
          ##                   30             37          37            38             39
          ##       
          ## 1    0
          ## 2    4
          ## 1    4
          ## 1    5
          ## 1    4
          ## 1    5
          ## 2    4
          ## 3    6
          ## 3   19
          ## 2   20
          ## 1   21
          ## 1   21
          ## 1    6
          ## 3    7
          ## 2    8
          ## 16  23
          ##    602

3. Distribution

3-1. dfSummary()

library(summarytools)
          print(dfSummary(Rdata1, graph.col = F, plain.ascii = F, style = "grid", max.string.width = 150, varnumbers=F,col.widths = c(80,280,80,80,80)), method = "render")

Data Frame Summary

Rdata1

Dimensions: 41 x 37
Duplicates: 1
Variable Stats / Values Freqs (% of Valid) Valid Missing
Occupation [factor]
1. 学部学生
2. 大学院学生
3. 研究員
4. 教員・研究職
5. 医療職
6. 技術支援スタッフ
7. 民間企業研究者
0(0.0%)
10(24.4%)
5(12.2%)
18(43.9%)
6(14.6%)
1(2.4%)
1(2.4%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Field [factor]
1. 神経科学
2. 精神医学
3. 神経内科学
4. 放射線医学
5. その他医学
6. 複数・他
9(22.0%)
15(36.6%)
6(14.6%)
5(12.2%)
2(4.9%)
4(9.8%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
MRIanalysisYear [factor]
1. ほぼ未経験
2. １年未満
3. １～３年
4. ３～５年
5. ５年以上
6. １０年以上
8(19.5%)
2(4.9%)
13(31.7%)
3(7.3%)
6(14.6%)
9(22.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Difficulty_QCbp [factor]
1. やさしすぎる
2. やさしい
3. ちょうどよい
4. 難しい
5. 難しすぎる
6. 不参加
0(0.0%)
2(4.9%)
38(92.7%)
1(2.4%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Difficulty_IF [factor]
1. やさしすぎる
2. やさしい
3. ちょうどよい
4. 難しい
5. 難しすぎる
6. 不参加
0(0.0%)
1(2.4%)
38(92.7%)
2(4.9%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Difficulty_Artefact [factor]
1. やさしすぎる
2. やさしい
3. ちょうどよい
4. 難しい
5. 難しすぎる
6. 不参加
0(0.0%)
1(2.4%)
34(82.9%)
6(14.6%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Difficulty_DMP [factor]
1. やさしすぎる
2. やさしい
3. ちょうどよい
4. 難しい
5. 難しすぎる
6. 不参加
0(0.0%)
0(0.0%)
24(58.5%)
8(19.5%)
0(0.0%)
9(22.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Difficulty_ImgQC [factor]
1. やさしすぎる
2. やさしい
3. ちょうどよい
4. 難しい
5. 難しすぎる
6. 不参加
0(0.0%)
0(0.0%)
22(53.7%)
6(14.6%)
0(0.0%)
13(31.7%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Satisfaction_QCbp [factor]
1. 満足
2. やや満足
3. どちらでもない
4. やや不満足
5. 不満足
6. 不参加
18(43.9%)
17(41.5%)
6(14.6%)
0(0.0%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Satisfaction_IF [factor]
1. 満足
2. やや満足
3. どちらでもない
4. やや不満足
5. 不満足
6. 不参加
19(46.3%)
17(41.5%)
5(12.2%)
0(0.0%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Satisfaction_Artefact [factor]
1. 満足
2. やや満足
3. どちらでもない
4. やや不満足
5. 不満足
6. 不参加
21(51.2%)
15(36.6%)
5(12.2%)
0(0.0%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Satisfaction_DMP [factor]
1. 満足
2. やや満足
3. どちらでもない
4. やや不満足
5. 不満足
6. 不参加
6(14.6%)
18(43.9%)
8(19.5%)
0(0.0%)
0(0.0%)
9(22.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Satisfaction_ImgQC [factor]
1. 満足
2. やや満足
3. どちらでもない
4. やや不満足
5. 不満足
6. 不参加
12(29.3%)
12(29.3%)
4(9.8%)
0(0.0%)
0(0.0%)
13(31.7%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Length_QCbp [factor]
1. 長すぎる
2. 長い
3. ちょうどよい
4. 短い
5. 短すぎる
6. 不参加
0(0.0%)
1(2.4%)
38(92.7%)
2(4.9%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Length_IF [factor]
1. 長すぎる
2. 長い
3. ちょうどよい
4. 短い
5. 短すぎる
6. 不参加
0(0.0%)
3(7.3%)
36(87.8%)
2(4.9%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Length_Artefact [factor]
1. 長すぎる
2. 長い
3. ちょうどよい
4. 短い
5. 短すぎる
6. 不参加
0(0.0%)
1(2.4%)
38(92.7%)
2(4.9%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Length_DMP [factor]
1. 長すぎる
2. 長い
3. ちょうどよい
4. 短い
5. 短すぎる
6. 不参加
0(0.0%)
1(2.4%)
27(65.9%)
3(7.3%)
0(0.0%)
10(24.4%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Length_ImgQC [factor]
1. 長すぎる
2. 長い
3. ちょうどよい
4. 短い
5. 短すぎる
6. 不参加
0(0.0%)
0(0.0%)
20(48.8%)
6(14.6%)
1(2.4%)
14(34.1%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Web_satisfaction [factor]
1. 大変良かった
2. 良かった
3. どちらでもない
4. あまりよくなかった
5. 良くなかった
24(58.5%)
16(39.0%)
1(2.4%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Usefulness [factor]
1. とても役立つ
2. 役立つ
3. どちらでもない
4. 役立たない
5. 全く役立たない
15(36.6%)
24(58.5%)
2(4.9%)
0(0.0%)
0(0.0%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
ImgQC_participation [character]
1. 参加した（引き続きアンケートにご協力ください）
2. 参加していない（これでアンケート終了です。ご協力ありがとうございました）
18(43.9%)
23(56.1%)
 41 (100.0%) 0 (0.0%)
Affiliation [character]
1. 広島大学
2. ATR脳情報通信総合研究所
3. NCNP IBIC
4. 京都大学精神科
5. 千葉大学子どものこころの発達教育研究センター
6. 慶應義塾大学医学部　精神神経科学教室
7. 慶應義塾大学医学部精神・神経科学教室(MRI脳画像データ等プラットフォーム、人生ステージに沿った健常および精神・神経疾患の統合ＭＲＩデータベースの構築にもとづく国際脳科学連携、のグループに所属)
8. 東京医科歯科大学
9. 東京医科歯科大学精神行動医科学分野
10. 東京大学　小池研究室
[ 5 others ]
2(12.5%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
1(6.2%)
5(31.2%)
 16 (39.0%) 25 (61.0%)
Group_MRIstudy [character]
1. 発達や加齢などを対象としたコホート研究
2. 発達や加齢などを対象としたコホート研究, 認知課題等を用いた実験研究
3. 精神神経疾患等、臨床群を対象としたケース・コントロール研究
4. 精神神経疾患等、臨床群を対象としたケース・コントロール研究, 発達や加齢などを対象としたコホート研究
5. 精神神経疾患等、臨床群を対象としたケース・コントロール研究, 発達や加齢などを対象としたコホート研究, 認知課題等を用いた実験研究
6. 認知課題等を用いた実験研究
7. 認知課題等を用いた実験研究, 痛み
1(5.6%)
1(5.6%)
11(61.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
2(11.1%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_Pre [character]
1. グループ全体で行っている
2. 撮像を担当した研究者が行っている
3. 研究者個人、または当番の研究員と放射線技師で行っている
4. 研究者個人がそれぞれ行っている
5. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
4(22.2%)
1(5.6%)
1(5.6%)
11(61.1%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_Criteria [character]
1. リアルタイムでQCを行い、再撮像の必要性を判断している。使用するかしないかは研究者個人に判断を任せている。
2. 基準がない（各研究者の判断で行っている）
3. 統一した２段階（使用できる／できない、等）で行っている
4. 統一した３段階（〇△×等）で行っている
5. 統一した４段階以上で行っている
6. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
7. 詳細を確認中です
1(5.6%)
10(55.6%)
2(11.1%)
2(11.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_Analysis [character]
1. Raw data, 前処理過程のデータ, 前処理後の解析データ
2. Raw dataと前処理後の解析データ
3. Raw dataのみ
4. これまでに解析過程に関わっていないため不明
5. 前処理後の解析データのみ
6. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
7. 詳細を確認中です
6(33.3%)
4(22.2%)
3(16.7%)
1(5.6%)
2(11.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_Manual [character]
1. 具体的な画像や判断基準を詳細にまとめたマニュアルがある
2. 大まかな判断基準をまとめた簡易なマニュアルがある
3. 手技によってあるものとないものがある
4. 特にない
5. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
6. 詳細を確認中です
1(5.6%)
2(11.1%)
1(5.6%)
12(66.7%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_Inter [character]
1. 定期的な取り組みは行っていない
2. 定期的にミーティングを行い、不一致を確認しあっている
3. 現在は定期的な取り組みは行っていないが，コロナ禍以前は不明
4. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
5. 詳細を確認中です
13(72.2%)
2(11.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_Intra [character]
1. 定期的な取り組みは行っていない
2. 定期的にミーティングで振り返りを行い、確認している
3. 現在は定期的な取り組みは行っていないが，コロナ禍以前は不明
4. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
5. 詳細を確認中です
13(72.2%)
2(11.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
Report_YN [character]
1. 医療機関や共同研究者の放射線科専門医等による読影を行っている
2. 外部委託による放射線科専門医等による読影を行っている
3. 患者は放射線科専門医による読影を行っている
4. 研究者による粗大な偶発所見の確認はしている
5. 神経内科医による粗大な偶発所見の確認はしている
6. 行っていない
8(44.4%)
2(11.1%)
1(5.6%)
4(22.2%)
1(5.6%)
2(11.1%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
Report_Patient [character]
1. ご本人に同意の段階で告知を希望するかを確認し、希望した場合にのみご本人へとお伝えしている。
2. 原則、全例を主治医やカルテ記載等を介して行う
3. 原則、全例を研究参加者に行う
4. 原則、行わない
5. 患者を対象とした研究をおこなっていない。
6. 患者群の対象なし
7. 連絡すべき偶発所見があった場合のみ、主治医やカルテ記載等を介して行う
8. 連絡すべき偶発所見があった場合のみ、研究参加者に行う
1(5.6%)
1(5.6%)
4(22.2%)
1(5.6%)
1(5.6%)
1(5.6%)
3(16.7%)
6(33.3%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
Report_Healthy [character]
1. 原則、全例を研究参加者に行う
2. 原則、行わない
3. 同上
4. 連絡すべき偶発所見があった場合のみ、研究参加者に行う
3(16.7%)
1(5.6%)
1(5.6%)
13(72.2%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
Report_Day [character]
1. その事例に遭遇したことがないから不明
2. それ以上
3. 不明
4. 計測後１か月以内
5. 計測後１週間以内
6. 計測翌日まで
7. 通院がある場合は次回通院時、ない場合は1週間以内
1(5.6%)
6(33.3%)
1(5.6%)
6(33.3%)
2(11.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
Report_Week [character]
1. 現在すでに行えている
2. 現状行っていないが、体制は整えられる
3. 計測後すぐに画像確認しても、放射線科専門医による迅速な読影体制が取れない
4. 計測後すぐに画像確認しても、放射線科専門医による迅速な読影体制が取れない, 倫理委員会等、研究倫理に関する確認と計画変更が必要である
5. 計測後すぐの画像確認による粗大な偶発所見の検討ができない
8(44.4%)
4(22.2%)
3(16.7%)
1(5.6%)
2(11.1%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
Report_Exclusion [character]
1. 不明
2. 基準がない（各研究者の判断で行っている）
3. 統一した２段階（使用できる／できない、等）で行っている
4. 統一した３段階（〇△×等）で行っている
5. 統一した４段階以上で行っている
6. 詳しい手続きについてはよくわかっていない
7. 詳細を確認中です
1(5.6%)
10(55.6%)
3(16.7%)
1(5.6%)
1(5.6%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
ImgQC_idea [character]
1. 低品質ではあるが、多くの参画施設でできるようにする（追加でQCが必要になる場合があるが、それは解析する研究者にゆだねる）
2. 高品質を目指し、かつ多くの参画施設でできるようにする（その分の人員、時間コストは仕方がない）
3. 高品質を目指し、かつ多くの参画施設でできるようにする（その分の人員、時間コストは仕方がない）, 高品質を目指し、少数施設で専門職員を配置して行う（その分、時間コストがかかる可能性がある。論文化する施設でやってもらう。追加予算を申請してもらう等）
4. 高品質を目指し、少数施設で専門職員を配置して行う（その分、時間コストがかかる可能性がある。論文化する施設でやってもらう。追加予算を申請してもらう等）
5. 高品質を目指し、少数施設で専門職員を配置して行う（その分、時間コストがかかる可能性がある。論文化する施設でやってもらう。追加予算を申請してもらう等）, 低品質ではあるが、多くの参画施設でできるようにする（追加でQCが必要になる場合があるが、それは解析する研究者にゆだねる）
3(16.7%)
4(22.2%)
1(5.6%)
8(44.4%)
2(11.1%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)
IFQC_idea [character]
1. IFQCについての検討を研究として行い、参画施設の研究者が（無償もしくは格安で）IFQCを行ってもらう仕組みを作る
2. IFQCについての検討を研究として行い、参画施設の研究者が（無償もしくは格安で）IFQCを行ってもらう仕組みを作る, IFQCは参画施設の判断にゆだねる（統一基準は使用するが、必須とはしない）
3. IFQCは参画施設の判断にゆだねる（統一基準は使用するが、必須とはしない）
4. 必要な参画施設は有料でIFQCを委託する仕組みを作る
5. 必要な参画施設は有料でIFQCを委託する仕組みを作る, IFQCについての検討を研究として行い、参画施設の研究者が（無償もしくは格安で）IFQCを行ってもらう仕組みを作る
6. 必要な参画施設は有料でIFQCを委託する仕組みを作る, IFQCについての検討を研究として行い、参画施設の研究者が（無償もしくは格安で）IFQCを行ってもらう仕組みを作る, IFQCは参画施設の判断にゆだねる（統一基準は使用するが、必須とはしない）
7. 必要な参画施設は有料でIFQCを委託する仕組みを作る, IFQCは参画施設の判断にゆだねる（統一基準は使用するが、必須とはしない）
6(33.3%)
4(22.2%)
2(11.1%)
2(11.1%)
2(11.1%)
1(5.6%)
1(5.6%)
 18 (43.9%) 23 (56.1%)

Generated by summarytools 1.0.0 (R version 4.1.3)
2022-05-09

3-2. geom_bar()

library(ggplot2)
          g <- list()
          for(i in 1:ncol(Rdata1)){
            g[[i]] <- ggplot(Rdata1, aes(x = eval(parse(text = colnames(Rdata1[i]))))) + geom_bar() + xlab(colnames(Rdata1[i]))
            }
          
          # graphの描出
          theme_set(theme_gray(base_family = "HiraKakuProN-W3")) 
          for (i in 1:20){print(g[[i]])}

4. 自由記載分

4-1. 良かった点

library(tidyverse)
          comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,4)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

4-2. 改善すべき点

comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,5)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

4-3. 今後期待する点

comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,6)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

4-4. その他ご意見1

comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,7)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

4-5. 画質QCについて

comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,8)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

4-6. IFQCについて

comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,9)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

4-7. その他ご意見2

comments <- data.frame(Rdata2[,c(1:3,10)])
          comments <- filter(comments, !is.na(comments[,4])) # no commentを削除
          datatable(comments)
  • ありがとうございました。

5. Stats

5-1. MRI解析経験による2群比較

summary(Rdata1[,3])
## ほぼ未経験   １年未満   １～３年   ３～５年   ５年以上 １０年以上 
          ##          8          2         13          3          6          9
# というわけで、3年を区切りにしてみます
          library(tidyverse)
          cat.Rdata1 <- ifelse(as.numeric(Rdata1[,3]) <= 3, "Shorter", "Longer")
          Rdata1.tableone <- data.frame(Rdata1, cat.Rdata1)
          Rdata1.tableone[Rdata1.tableone=="不参加"] <- NA
          library(tableone)
          vars <- colnames(Rdata1.tableone[c(1,2,4:20)])
          factorVars <- colnames(Rdata1.tableone[c(1:2)])
          table1 <- CreateTableOne(vars = vars, strata = "cat.Rdata1", 
                                   data = Rdata1.tableone, factorVars = factorVars)
          table1
##                            Stratified by cat.Rdata1
          ##                             Longer      Shorter    p      test
          ##   n                         18          23                    
          ##   Occupation (%)                                    0.006     
          ##      大学院学生              1 (  5.6)   9 (39.1)             
          ##      研究員                  2 ( 11.1)   3 (13.0)             
          ##      教員・研究職           14 ( 77.8)   4 (17.4)             
          ##      医療職                  1 (  5.6)   5 (21.7)             
          ##      技術支援スタッフ        0 (  0.0)   1 ( 4.3)             
          ##      民間企業研究者          0 (  0.0)   1 ( 4.3)             
          ##   Field (%)                                         0.369     
          ##      神経科学                6 ( 33.3)   3 (13.0)             
          ##      精神医学                7 ( 38.9)   8 (34.8)             
          ##      神経内科学              2 ( 11.1)   4 (17.4)             
          ##      放射線医学              2 ( 11.1)   3 (13.0)             
          ##      その他医学              1 (  5.6)   1 ( 4.3)             
          ##      複数・他                0 (  0.0)   4 (17.4)             
          ##   Difficulty_QCbp (%)                                 NaN     
          ##      やさしすぎる            0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      やさしい                0 (  0.0)   2 ( 8.7)             
          ##      ちょうどよい           18 (100.0)  20 (87.0)             
          ##      難しい                  0 (  0.0)   1 ( 4.3)             
          ##      難しすぎる              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Difficulty_IF (%)                                   NaN     
          ##      やさしすぎる            0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      やさしい                0 (  0.0)   1 ( 4.3)             
          ##      ちょうどよい           18 (100.0)  20 (87.0)             
          ##      難しい                  0 (  0.0)   2 ( 8.7)             
          ##      難しすぎる              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Difficulty_Artefact (%)                             NaN     
          ##      やさしすぎる            0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      やさしい                1 (  5.6)   0 ( 0.0)             
          ##      ちょうどよい           14 ( 77.8)  20 (87.0)             
          ##      難しい                  3 ( 16.7)   3 (13.0)             
          ##      難しすぎる              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Difficulty_DMP (%)                                  NaN     
          ##      やさしすぎる            0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      やさしい                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      ちょうどよい           11 ( 78.6)  13 (72.2)             
          ##      難しい                  3 ( 21.4)   5 (27.8)             
          ##      難しすぎる              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Difficulty_ImgQC (%)                                NaN     
          ##      やさしすぎる            0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      やさしい                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      ちょうどよい           10 ( 90.9)  12 (70.6)             
          ##      難しい                  1 (  9.1)   5 (29.4)             
          ##      難しすぎる              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Satisfaction_QCbp (%)                               NaN     
          ##      満足                    8 ( 44.4)  10 (43.5)             
          ##      やや満足                7 ( 38.9)  10 (43.5)             
          ##      どちらでもない          3 ( 16.7)   3 (13.0)             
          ##      やや不満足              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不満足                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Satisfaction_IF (%)                                 NaN     
          ##      満足                    9 ( 50.0)  10 (43.5)             
          ##      やや満足                6 ( 33.3)  11 (47.8)             
          ##      どちらでもない          3 ( 16.7)   2 ( 8.7)             
          ##      やや不満足              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不満足                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Satisfaction_Artefact (%)                           NaN     
          ##      満足                   11 ( 61.1)  10 (43.5)             
          ##      やや満足                5 ( 27.8)  10 (43.5)             
          ##      どちらでもない          2 ( 11.1)   3 (13.0)             
          ##      やや不満足              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不満足                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Satisfaction_DMP (%)                                NaN     
          ##      満足                    3 ( 21.4)   3 (16.7)             
          ##      やや満足                7 ( 50.0)  11 (61.1)             
          ##      どちらでもない          4 ( 28.6)   4 (22.2)             
          ##      やや不満足              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不満足                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Satisfaction_ImgQC (%)                              NaN     
          ##      満足                    6 ( 54.5)   6 (35.3)             
          ##      やや満足                4 ( 36.4)   8 (47.1)             
          ##      どちらでもない          1 (  9.1)   3 (17.6)             
          ##      やや不満足              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不満足                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Length_QCbp (%)                                     NaN     
          ##      長すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      長い                    0 (  0.0)   1 ( 4.3)             
          ##      ちょうどよい           18 (100.0)  20 (87.0)             
          ##      短い                    0 (  0.0)   2 ( 8.7)             
          ##      短すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Length_IF (%)                                       NaN     
          ##      長すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      長い                    1 (  5.6)   2 ( 8.7)             
          ##      ちょうどよい           16 ( 88.9)  20 (87.0)             
          ##      短い                    1 (  5.6)   1 ( 4.3)             
          ##      短すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Length_Artefact (%)                                 NaN     
          ##      長すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      長い                    1 (  5.6)   0 ( 0.0)             
          ##      ちょうどよい           17 ( 94.4)  21 (91.3)             
          ##      短い                    0 (  0.0)   2 ( 8.7)             
          ##      短すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Length_DMP (%)                                      NaN     
          ##      長すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      長い                    1 (  7.1)   0 ( 0.0)             
          ##      ちょうどよい           12 ( 85.7)  15 (88.2)             
          ##      短い                    1 (  7.1)   2 (11.8)             
          ##      短すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Length_ImgQC (%)                                    NaN     
          ##      長すぎる                0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      長い                    0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      ちょうどよい            7 ( 63.6)  13 (81.2)             
          ##      短い                    4 ( 36.4)   2 (12.5)             
          ##      短すぎる                0 (  0.0)   1 ( 6.2)             
          ##      不参加                  0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Web_satisfaction (%)                                NaN     
          ##      大変良かった           10 ( 55.6)  14 (60.9)             
          ##      良かった                7 ( 38.9)   9 (39.1)             
          ##      どちらでもない          1 (  5.6)   0 ( 0.0)             
          ##      あまりよくなかった      0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      良くなかった            0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##   Usefulness (%)                                      NaN     
          ##      とても役立つ            7 ( 38.9)   8 (34.8)             
          ##      役立つ                  9 ( 50.0)  15 (65.2)             
          ##      どちらでもない          2 ( 11.1)   0 ( 0.0)             
          ##      役立たない              0 (  0.0)   0 ( 0.0)             
          ##      全く役立たない          0 (  0.0)   0 ( 0.0)
  • Note. 不参加＝NAのため0名と表示されている。

5-2. MRI解析経験を連続変数とした比較

Rdata1.tableone2 <- Rdata1[,1:3]
          for (i in 4:20) Rdata1.tableone2 <- data.frame(Rdata1.tableone2, as.numeric(Rdata1[,i]))
          Rdata1.tableone2 <- data.frame(Rdata1.tableone2, cat.Rdata1)
          colnames(Rdata1.tableone2) <- c(colnames(Rdata1[c(1:20)]), "cat.Rdata1")
          vars <- colnames(Rdata1.tableone2[c(1,2,4:20)])
          factorVars <- colnames(Rdata1.tableone2[c(1:2)])
          Rdata1.tableone2[Rdata1.tableone2==6] <- NA
          table2 <- CreateTableOne(vars = vars, strata = "cat.Rdata1", 
                                   data = Rdata1.tableone2, factorVars = factorVars)
          table2
##                                    Stratified by cat.Rdata1
          ##                                     Longer       Shorter      p      test
          ##   n                                   18           23                    
          ##   Occupation (%)                                               0.006     
          ##      大学院学生                        1 ( 5.6)     9 (39.1)             
          ##      研究員                            2 (11.1)     3 (13.0)             
          ##      教員・研究職                     14 (77.8)     4 (17.4)             
          ##      医療職                            1 ( 5.6)     5 (21.7)             
          ##      技術支援スタッフ                  0 ( 0.0)     1 ( 4.3)             
          ##      民間企業研究者                    0 ( 0.0)     1 ( 4.3)             
          ##   Field (%)                                                    0.369     
          ##      神経科学                          6 (33.3)     3 (13.0)             
          ##      精神医学                          7 (38.9)     8 (34.8)             
          ##      神経内科学                        2 (11.1)     4 (17.4)             
          ##      放射線医学                        2 (11.1)     3 (13.0)             
          ##      その他医学                        1 ( 5.6)     1 ( 4.3)             
          ##      複数・他                          0 ( 0.0)     4 (17.4)             
          ##   Difficulty_QCbp (mean (SD))       3.00 (0.00)  2.96 (0.37)   0.619     
          ##   Difficulty_IF (mean (SD))         3.00 (0.00)  3.04 (0.37)   0.619     
          ##   Difficulty_Artefact (mean (SD))   3.11 (0.47)  3.13 (0.34)   0.880     
          ##   Difficulty_DMP (mean (SD))        3.21 (0.43)  3.28 (0.46)   0.692     
          ##   Difficulty_ImgQC (mean (SD))      3.09 (0.30)  3.29 (0.47)   0.215     
          ##   Satisfaction_QCbp (mean (SD))     1.72 (0.75)  1.70 (0.70)   0.908     
          ##   Satisfaction_IF (mean (SD))       1.67 (0.77)  1.65 (0.65)   0.948     
          ##   Satisfaction_Artefact (mean (SD)) 1.50 (0.71)  1.70 (0.70)   0.383     
          ##   Satisfaction_DMP (mean (SD))      2.07 (0.73)  2.06 (0.64)   0.948     
          ##   Satisfaction_ImgQC (mean (SD))    1.55 (0.69)  1.82 (0.73)   0.322     
          ##   Length_QCbp (mean (SD))           3.00 (0.00)  3.04 (0.37)   0.619     
          ##   Length_IF (mean (SD))             3.00 (0.34)  2.96 (0.37)   0.700     
          ##   Length_Artefact (mean (SD))       2.94 (0.24)  3.09 (0.29)   0.097     
          ##   Length_DMP (mean (SD))            3.00 (0.39)  3.12 (0.33)   0.373     
          ##   Length_ImgQC (mean (SD))          3.36 (0.50)  3.25 (0.58)   0.602     
          ##   Web_satisfaction (mean (SD))      1.50 (0.62)  1.39 (0.50)   0.537     
          ##   Usefulness (mean (SD))            1.72 (0.67)  1.65 (0.49)   0.700
  • Note. 各項目の不参加は除外

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